2. Balai Besar Laboratorium Kesehatan Palembang. Balai besar ini memiliki wilayah kerja di Bengkulu, Bangka Belitung, Sumatera Selatan, Jambi dan Lampung.

3. Balai Besar Laboratorium Kesehatan Makassar. Balai besar ini memiliki wilayah kerja di Gorontalo, Sulawesi Utara, Sulawesi Barat, Sulawesi Tengah, Sulawesi Selatan dan Sulawesi Tenggara.

4. Balai Besar Laboratorium Kesehatan Surabaya. Balai besar ini memiliki wilayah kerja di Kalimantan Selatan, Kalimantan Utara, Kalimantan Tengah, dan Kalimantan Timur.

5. Balai Pengembangan Kesehatan dan Penelitian Papua. Balai besar ini memiliki wilayah kerja di Papua dan Papua Barat.

6. Balai Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit Jakarta. Balai tenik ini memiliki wilayah kerja di Riau, Kepulauan Riau, Jawa Barat, Kalimantan Barat dan Banten.

7. Balai Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit Surabaya. Balai teknik ini memiliki wilayah kerja di Bali, Jawa Timur, Nusa Tenggara Timur dan Nusa Tenggara Barat.