Kongres sempat diwarnai kericuhan. Sejumlah pendukung kubu Amien Rais memprotes jalannya kongres yang dinilai tak adil dan melanggar AD/ART partai.

"Kita semua tahu bahwa PAN telah melewati proses kongres yang sarat dengan kekerasan dan mencoreng wajah partai sendiri. Kita hendaknya sudah dan terus mentaubati apa yang terjadi," kata Hanafi.

Dia menilai PAN melewatkan momentum untuk memperbaiki diri lebih bijaksana dalam berorganisasi dan bersikap.

"Kecenderungan melakukan konformitas terhadap kekuasaan, sekalipun didahului dengan kritik-kritik, bukan sikap yang adil di saat banyak kader dan simpatisan menaruh harapan PAN jadi antitesis pemegang kekuasaan," kata Hanafi.