Trujillo juga mengawasi tanggapan Kolombia terhadap gelombang besar pengungsi dari negara tetangga Venezuela, dengan program yang memfasilitasi tempat tinggal sementara bagi ratusan ribu warga Venezuela.

Sebagai menteri pertahanan, Trujillo memimpin upaya negara itu untuk menangani produksi kokain, yang telah berkembang pesat sejak 2013 tetapi stabil dalam dua tahun terakhir. Trujillo berkampanye agar Kolombia melanjutkan fumigasi udara tanaman koka, yang ditangguhkan pada 2015 karena masalah lingkungan dan kesehatan. Dia berargumen bahwa pemerintah Kolombia telah menemukan cara yang lebih bersih untuk mengasapi tanaman dan bahwa pemberantasan secara manual membahayakan personel militer dan kontraktor.

Dalam sebuah pernyataan, pemerintah Kolombia mengatakan bahwa Trujillo jatuh sakit selama kunjungan ke kota pesisir Barranquilla, di mana dia dibawa ke rumah sakit pada 11 Januari. Menteri pertahanan dipindahkan ke rumah sakit militer di Bogota dua hari kemudian dan ditempatkan di unit perawatan intensif dan menghabiskan beberapa hari dalam keadaan koma sebelum meninggal.

Kolombia mencatat lebih dari 50.000 kematian akibat COVID-19 dan lebih dari 2 juta kasus. Vaksinasi masih belum dimulai di Kolombia, yang berpenduduk sekitar 50 juta orang dan merupakan negara terbesar di Amerika Latin sejauh ini tanpa suntikan penyelamat jiwa.

Duque mengatakan bahwa pemerintahnya telah membeli 20 juta dosis vaksin dari Pfizer dan AstraZeneca dan juga telah menandatangani perjanjian dengan platform Covax Organisasi Kesehatan Dunia untuk tambahan 20 juta suntikan. Pejabat pemerintah mengatakan bahwa mereka berharap untuk memulai vaksinasi pada bulan Februari.