Kemudian berlanjut ke jembatan kereta api Sungai Progo pada Januari 1949, lalu Jembatan Bogem yang membentang di atas Sungai Opak, jembatan antara Jogja-Surakarta dan Jogja-Kaliurang hingga satu persatu jembatan penghubung Jogja berhasil dia hancurkan.

Dalam melakukan aksinya, Herman Johannes dibantu para taruna dari Akademi Militer yang tergabung dalam Korps Tentara Mahasiswa.

Usai pemberian pengakuan kedaulatan Indonesia oleh Belanda, Herman diangkat menjadi Menteri Pekerjaan Umum, periode 1950-1951.

Setelah itu, dia dipilih menjadi Rektor UGM, periode 1961-1966.