Ia juga memiliki banyak murid yang berguru kepadanya. Karena ilmunya yang luas, Syekh Junaid Al-Batawi disebut-sebut sebagai syaikhul masyaikh atau gurunya para guru dari para ulama mazhab Syafi’i.

Untuk mengenang jasa Syekh Junaid Al-Batawi, namanya pun diresmikan oleh Gubernur DKI Jakarta Anies Baswedan sebagai nama jalan di Jalan Lingkar Luar Barat.