Mengutip Live Japan, natto dibuat dengan cara membungkus kedelai rebus di dalam jerami padi yang mengandung bakteri Bacillus subtilis di permukaannya.

Proses tersebut mampu memecah protein kedelai menjadi asam glutamat yang bisa membuat teksturnya menjadi berlendir serta bau menyengat. Walau begitu asam ini memberikan rasa umami alami.

Dewasa ini pembuatan natto sedikit berbeda dengan sebelumnya. Pada awal abad ke-20 penggunaan jerami padi telah diganti dengan kotak styrofoam.

Bakteri Bacillus subtilis langsung ditambahkan ke kedelai rebus untuk melakukan proses fermentasi. Sama seperti makanan fermentasi lainnya, natto juga kaya akan protein, vitamin, dan mineral, seperti dikutip dari Healthline. 

Proses fermentasi tersebut dapat mengurangi zat antinutrisi sehingga menghasilkan senyawa bernutrisi yang baik untuk tubuh. Berkat hal tersebut, natto juga disebut sebagai superfood.