Di sekolah tersebut, Frans diajar oleh Seogoro Atmoprasodjo, seorang guru dari jawa yang sangat dipercaya oleh Belanda tapi justru mengajarkan nasionalisme pada murid-muridnya. 

Seogoro Atmoprasodjo adala aktivis Partai Indonesia (Partindo) dan guru Taman Siswa bentukan Ki Hadjar Dewantara. Pada tahun 1935 Seogoro dibuang ke Boven Dogoel, Papua karena dituduh terlibat pemberontakan terhadap Belanda. 

Ajaran dari Seogoro makin enambah kecintaan Frans pada Indonesia. Dari Seogorolah, Frans dan teman-teman sekolahnya mengenal lagu Indonesia Raya, jauh sebelum gerakan Papua Merdeka Muncul. 

Pada tanggal 15 hingga 25 Juli 1946, sebuah konferensi yang bertujuan untuk membentuk negara-negara bagian Republik Indonesia Serikat yang dilaksanakan di Kota Malino, Sulawesi Selatan. Konfereni tersebut dikenal dengan nama Konferensi Malino. 

Frans Kaisiepo ikut menghadiri konferensi tersebut sebagai wakil Papua. Pada konferensi tersebut, ia menentang keras niat Belanda yang ingin menggabungkan Papua dengan Maluku dan memasukkan Papua ke Negara Indonesia Timur (NIT). 

Pada akhirnya, Negara Indonesia Timur hanya terdiri dari Maluku, Sulawesi, Bali dan Nusa Tenggara, sedangkan Papua tidak jadi dimerdekakan. Wilayah itu tetap dalam cengkeraman kekuasaan Belanda dan di beri nama Hollandia.