Kemudian, berdasarkan 6.00 sampel DNA dari berbagai lokasi di Indonesia mereka digunakan untuk mengamati Haplogroup dan ligustik masyarakat Indonesia. 

Sebanyak 3.700 orang dengan 35 suku bangsa dari 6.00 sampel yang merupakan pemilik DNA mitokondria. Pemilik genetik ini ditemukan dari hoplogroup M<F<Y2, dan B di Indonesia bagian barat. 

Orang-orang dari haplogroup ini sebagian besar adalah penutur bahasa Austronesia dari Asia Tenggara, Madagaskar, dan Kepulauan Pasifik. Sementara itu, di Indonesia bagian timur, haplogroup Q dan P banyak ditemukan pada orang Papua dan Nusa Tenggara yang bukan penutur bahasa Austronesia. Di Kepulauan Mentawai dan Nias, suku haplogroup ini bergabung dengan penduduk asli Formosa, penutur bahasa Austronesia.

Dari data tersebut terlihat bahwa penelitian tersebut menggabungkan faktor genetik dengan arkeologi dan linguistik sehingga menunjukkan bahwa nenek moyang bangsa Indonesia datang secara bergelombang. Sejarah migrasi nenek moyang dimulai 72.000 tahun yang lalu ketika sekelompok Homo Sapiens melakukan perjalanan ke selatan dari benua Afrika ke semenanjung Arab menuju India.

Keturunan orang gelombang pertama ini tiba di tempat yang sekarang menjadi kepulauan Indonesia sekitar 50.000 tahun yang lalu. Saat itu semenanjung Melayu, Kalimantan dan Jawa masih terhubung sebagai satu benua dengan nama Sundaland dan gelombang pertama ini bermigrasi ke Australia.

Tanda-tanda keberadaan Homo Sapiens dapat dilihat melalui temuan arkeologi di wilayah Sarawak, Kalimantan, seperti dikutip Sapiens: A Brief History of Humanity .