Secara umum, tata cara Salat Istikharah untuk menentukan jodoh pada dasarnya sama persis dengan tata cara salat lainnya. Mulai dari bersuci, baik wudhu atau tayammum, niat Salat Istikhoroh menentukan pilihan: Ushalli sunnatal istikhorooti rok’ataini lillahi ta’aala. Artinya/terjemahan bahasa Indonesia: "Aku berniat salat istikharah dua rekaat karena Allah Ta’ala." Dan hingga pada rukun salat sunnahnya.

Perbedaan yang membuat Salat Istikhoroh menjadi berbeda dengan salat lainnya adalah niat dan doa Istikharah yang dibaca selepas mengerjakan salat ini.

Seluruhnya, seperti salat sunah biasanya. Hanya saja setelah Al Fatihah pada rakaat pertama bacaan surat pendeknya Alquran Surat Al Kafirun (qulya ayyuhal kafirun …) dan rakaat kedua setelah Al Fatihah adalah Surat Al Ikhlas (qul huwallahu ahad ..). Membaca doa Salat Istikharah

Doa istikhoroh sebagai berikut:

"Allahumma inni astakhii-ruka bi ‘ilmika, wa astaq-diruka bi qud-ratika, wa as-aluka min fadh-likal adziim, fa in-naka taq-diru wa laa aq-diru, wa ta’lamu wa laa a’lamu, wa anta ‘allaamul ghuyub. Allahumma in kunta ta’lamu anna hadzal amro khoiron lii fii diinii wa ma’aasyi wa ‘aqibati amrii faq-dur-hu lii, wa yas-sirhu lii, tsumma baarik lii fiihi. Wa in kunta ta’lamu anna hadzal amro syarrun lii fii diinii wa ma’aasyi wa ‘aqibati amrii, fash-rifhu ‘annii was-rifnii ‘anhu, waqdur lial khoiro haitsu kaana tsumma ardhi-nii bih."

Artinya: "Ya Allah, aku memohon petunjuk memilih yang baik dalam pengetahuan-Mu, aku mohon ditakdirkan yang baik dengan kodrat-Mu, aku mengharapkan karunia-Mu yang besar. Engkau Maha Kuasa dan aku adalah hamba-Mu yang dhaif. Engkau Maha Tahu dan aku adalah hamba-Mu yang jahil. Engkau Maha Mengetahui semua yang gaib dan yang tersembunyi."