Kantor hak asasi manusia PBB melaporkan lebih dari 300 pembunuhan di luar proses pengadilan dan kemudian diusir dari negara itu setelah Ketua HAM PBB Zeid Ra'ad al-Hussein yang keluar menyebut Burundi sebagai salah satu "rumah jagal manusia paling produktif dalam beberapa waktu terakhir".

Pemerintah Burundi membantah tuduhan pihaknya menargetkan rakyatnya, menyebut mereka propaganda jahat oleh para pembangkang.

"Ketika saya mengetahui meninggalnya Pierre Nkurunziza, saya berpikir tentang ribuan nyawa yang dipotong oleh rezimnya. Keluarga-keluarga yang tidak akan melihat keadilan," Thierry Uwamahoro, seorang aktivis demokrasi dan kritikus pemerintah terkemuka yang tinggal di pengasingan, menulis di Twitter.

Nkurunziza selamat dari upaya kudeta tak lama setelah pemungutan suara 2015. Donor internasional memangkas dukungan, membuat pemerintah berjuang. Ratusan ribu orang meninggalkan negara itu.

Banyak warga Burundi terkejut ketika presiden mengumumkan pada 2018 bahwa ia sedang menjalani masa jabatan terakhirnya. Banyak yang mengira dia akan terus menggunakan kekuatan di belakang layar. Pemimpin oposisi yang kalah dalam pemilihan Mei, Agathon Rwasa, mengatakan para pendukungnya dilecehkan sebelum pemungutan suara dan ditahan oleh sejumlah orang pada hari pemilihan. Tantangan pengadilannya untuk pemungutan suara yang menuduh penipuan ditolak.

Pemerintah telah menyetujui undang-undang yang dimaksudkan untuk memberikan Nkurunziza gelar "pemimpin tertinggi" begitu dia mengundurkan diri.