Menurut para ilmuwan, kedalaman air yang menurun dan cuaca yang lebih hangat juga mendorong ganggang merah berkembang lebih cepat sehingga bisa 'menguasai' danau.

Meskipun ganggang merah dianggap sebagai biang perubahan warna air di Danau Lonar, namun otoritas kesehatan dan lingkungan India telah mengambil sampel air dari danau untuk menentukan penyebab pastinya.