- Pembengkakan otak (ensefalitis)

Kematian dapat terjadi pada 40–75 persen kasus virus nipah. Efek samping jangka panjang pada orang yang selamat dari infeksi virus nipah telah dicatat, termasuk kejang yang menetap dan perubahan kepribadian.

Infeksi yang menyebabkan gejala dan terkadang kematian setelah terpapar (dikenal sebagai infeksi tidak aktif atau laten) juga telah dilaporkan berbulan-bulan dan bahkan bertahun-tahun setelah terpapar.