Pemberontak komunis telah berperang melawan pemerintah sejak 1968 - salah satu pemberontakan Maois terlama di dunia. Menurut militer, pemberontakan tersebut telah menewaskan lebih dari 30.000 orang. Beberapa presiden gagal mencapai kesepakatan dengan pemberontak, yang pemimpinnya Jose Maria Sison sekarang mengasingkan diri di Belanda.

Ketika dia mencalonkan diri sebagai presiden pada tahun 2016, Duterte berjanji untuk mengakhiri pemberontakan melalui pembicaraan damai, menyoroti hubungannya dengan komandan pemberontak ketika dia menjadi walikota Kota Davao di Mindanao, tempat pemberontakan komunis masih aktif.

Setelah menjabat, Duterte memerintahkan pembicaraan langsung dengan komunis, hanya untuk menemukan militer dan pemberontak dalam pertempuran bersenjata yang sering terjadi. Menyusul bentrokan sengit antara pasukan pemerintah dan pemberontak pada tahun 2017, Duterte membatalkan proses perdamaian dan kemudian menandatangani proklamasi yang melabeli pejuang komunis sebagai "teroris".

Dia juga membujuk pasukan pemerintah untuk menembak pemberontak perempuan di alat kelamin mereka sebagai hukuman dan menawarkan hadiah untuk setiap pemberontak yang terbunuh.

Pada 2018, satuan tugas khusus dibentuk oleh presiden untuk menargetkan para pemberontak dan pendukungnya. Kritikus dan aktivis hak asasi manusia mengatakan badan khusus itu juga dikerahkan untuk melawan politisi berhaluan kiri arus utama dan kritikus Duterte lainnya. Beberapa pejabat administrasi Duterte juga dituduh "tanpa pandang bulu" mencap siapa pun yang mengkritik presiden - termasuk anggota akademisi, jurnalis dan aktivis - sebagai "komunis".

Dalam beberapa bulan terakhir, sejumlah aktivis, pengacara, dan dokter ditembak mati setelah mereka ditandai di depan umum dan di media sosial sebagai simpatisan komunis dan pemberontak komunis yang aktif.