Sebagai bagian dari armada pemukul KRI Nanggala dipersenjatai 14 buah torpedo 21 inci/533 mm dalam 8 tabung. Kapal selam ini juga  mempunyai sonar dari jenis CSU-3-2 suite.

KRI Nanggala pernah terlibat dalam latihan gabungan TNI AL-US Navy, CARAT-8/02 yang diadakan pada 27 Mei - 3 Juni 2002. CARAT (Coorperation Afloat Readiness and Training) adalah bantuan latihan militer Amerika terhadap militer negara sahabat di Asia Tenggara. Latihan CARAT ini berlangsung di perairan Laut Jawa, Selat Bali dan Situbondo.

Pada 2004, dalam Latihan Operasi Laut Gabungan (Latopslagab) XV/04 di Samudera Hindia, tanggal 8 April hingga 2 Mei 2004, KRI Naggala berhasil menenggelamkan eks KRI Rakata, sebuah kapal tunda samudera buatan 1942 dengan torpedo SUT.

Kepala Dinas Penerangan Angkatan Laut (Kadispenal) Laksma Julius Widjojono mengatakan analisa sementara hilang kontak kapal selam KRI Nanggala-402 karena terjadi blackout atau gangguan saat penyelaman statis. Hal ini membuat kapal tidak dapat menjalankan prosedur kedaruratan.***