Bebas pada 1991, Deif langsung pergi ke Brigade Al Qassam. Di situ dia bertemu Yahya Ayyash yang kelak menjadi mentornya. Yahya Ayyash dijuluki sebagai Sang Insinyur atas kemahirannya membuat bom dan taktik militer.

Peran Deif perlahan terus meningkat dalam struktur komando Hamas. Israel menuding Deif pada 1994 sebagai aktor pembunuhan tiga tentara mereka: Nachshon Wachsman, Aryeh Frankenthal dan Shahar Simani.

Ketika Israel membunuh Ayyash menggunakan ponsel peledak, Deif membalas dendam dengan mendalangi serangkaian serangan bom mematikan terhadap warga Israel pada Februari dan Maret 1996. 

“Mohammad Deif kemudian pergi ke bawah tanah. Foto-fotonya sejak itu sangat langka dan tidak ada yang terlihat dalam dekade terakhir,” bunyi ulasan Global Research, dikutip Rabu (12/5/2021).

Tentu saja, Israel mencoba membunuhnya. Setidaknya lima kali serangan ditujukan untuk menghabisi Deif. 

Salah satunya terjadi pada 19 Agustus 2014, Angkatan Udara Israel melakukan serangan udara di sebuah rumah di lingkungan Sheikh Radwan di Kota Gaza. Serangan ini menewaskan istri Deif yang berusia 27 tahun. Selain itu putranya, Ali, yang berusia 7 bulan serta Sara, 3, meninggal. Tiga warga sipil juga menjadi korban.