Pada 2 Februari 2016, Raphinha menandatangani kontrak dengan klub Portugal Vitória Guimarães, yang telah dibina di Copa São Paulo de Futebol Júnior oleh Deco, yang mengontraknya ke agensinya, D20 Sports, dan mengatur transfernya ke Vitória.

Dia melakukan debut untuk Vimaranenses pada 13 Maret 2016 melawan Paços de Ferreira.

Sporting CP

Pada Mei 2018, ia pindah ke klub Portugal Sporting CP hingga 2019. Ia melakukan debut pada 12 Agustus melawan Moreirense. Dia mencetak gol pertamanya untuk klub pada 20 September 2018 melawan FK Qarabag dalam kemenangan 2-0 di Liga Eropa UEFA 2018–19.

Rennes

Dia menandatangani kontrak dengan klub Prancis Rennes pada 2019, dengan biaya transfer sekitar €21 juta, rekor penandatanganan klub. Dia mencetak delapan gol dan memperoleh tujuh assist selama waktunya di klub.