Asosiasi aktifnya dengan Ikhwanul Muslimin, gerakan sosial-politik terbesar Mesir pada 1940-an, yang kepemimpinannya sering berselisih dengan penguasa Mesir, membuat dia dipenjara berulang kali pada 1940-an dan 50-an, mengalami penyiksaan di tangan para sipirnya.

Namun, tidak seperti beberapa rekan tahanannya, dan kemungkinan karena pelatihan teologisnya, dia menentang kemunculan cabang ekstrem dari Ikhwanul Muslimin di penjara. Memang al-Qaradhawi mungkin telah menjadi salah satu kontributor bantahan formal kepemimpinan Ikhwanul Muslimin dari kecenderungan ini dalam organisasi mereka pada tahun 1960-an.

Dia akan terus menulis beberapa kritik bernuansa dan berpengaruh terhadap kekerasan tidak sah dan penyebabnya dalam dekade berikutnya, mungkin, terutama dalam karyanya tahun 1982, Kebangkitan Islam: Antara Penolakan dan Ekstremisme. Kecamannya yang tegas atas kekerasan yang dilakukan oleh al-Qaeda pada 9/11 dan kelompok-kelompok bersenjata seperti ISIL (ISIS) di tahun-tahun berikutnya akan memberinya pengakuan sebagai suara penting yang menunjukkan penolakan Muslim arus utama terhadap kelompok-kelompok tersebut.

Pada tahun 1961, al-Qaradhawi akan melakukan perjalanan ke Qatar sebagai guru, sebagian agar ia bisa lolos dari penganiayaan anggota Ikhwanul Muslimin di Mesir. Dia akan segera mengembangkan hubungan dekat dengan emir Qatar saat itu, Sheikh Ahmad Bin Ali Al Thani yang meninggal pada tahun 1977. Emir datang untuk menghormatinya dan kemudian memberinya kewarganegaraan Qatar.

Selama periode ini, ia juga mulai menerbitkan lebih sering untuk pembaca Muslim yang lebih luas. Pada tahun 1960, ia menulis karya kunci pertamanya, yang ditugaskan oleh Al-Azhar sebagai panduan bagi Muslim yang tinggal di Barat, Yang Sah dan Terlarang dalam Islam.

Gaya penulisan Al-Qaradawi sangat mudah diakses – ia menjauhi bahasa manual hukum Islam pra-modern yang relatif tidak jelas untuk menulis sebuah buku yang dapat dibaca dan dipahami oleh pembaca awam. Selain prosanya yang jernih, al-Qaradawi akan menunjukkan dirinya sangat produktif, menulis lebih dari 100 karya selama karirnya.