Presiden Zia meninggal pada Agustus 1988 dalam kecelakaan pesawat misterius, meninggalkan kekosongan kekuasaan di pusat politik Pakistan. Dalam pemilihan berikutnya, PPP Bhutto memenangkan satu blok kursi terbesar di Majelis Nasional. Bhutto pun menjadi perdana menteri pada 1 Desember 1988, memimpin pemerintahan koalisi.

Sepanjang hidupnya, Bhutto menjadi simbol harapan bagi perempuan dalam skala global. Ketika dia menjabat setelah rezim Ziaul Haq, dia fokus untuk memperbaiki kerusakan yang telah dia lakukan dengan menciptakan undang-undang yang menekan perempuan.

Dalam pidatonya, dia sering mendorong hak perempuan untuk belajar dan bekerja, dan Benazir Bhutto berharap untuk mengubah cara pandang perempuan di Pakistan.

Benazir Bhutto dilantik sebagai perdana menteri di Pakistan dan dengan ini sebagai perdana menteri wanita pertama di sebuah negara Islam, pada 2 Desember 1988.

Setelah menjabat pada 1988, Bhutto mendirikan pusat Studi Wanita di lima universitas di Islamabad, Karachi, Quetta, Peshawar, dan Lahore.

Mengutip dari Thenews.com.pk, ia juga mendirikan First Women Bank untuk memenuhi kebutuhan finansial para wanita. Bank kemudian mendanai skema kredit skala kecil untuk perempuan yang kurang beruntung.