MPP menyusun rencana bagi NU untuk menjadi partai politik. Diawali manuver politik Kiai Wahab Chasbullah yang menuntut diberikannya jatah menteri agama, NU mulai melakukan perlawanan terhadap Masyumi.

Sementara Natsir sebagai pimpinan Masyumi menganggap ancaman penarikan diri NU, kecil kemungkinan dilaksanakan. Kalaupun terjadi, pikirnya, NU tidak akan menjadi partai politik, melainkan tetap menjadi jam’iyah.

Ternyata Natsir keliru. Setelah melalui perdebatan keras dalam Muktamar NU ke XIX, pada 31 Juli 1952 NU resmi keluar dari Masyumi dan berubah menjadi partai politik.

Dalam berkampanye NU mengusung jargon ‘Kerjasama Islam-nasional’. Jargon itu merujuk pada cita-cita Izzul Islam wal Muslimin (Kejayaan Islam dan para pemeluknya).

Pada pemilu 1955, NU membuktikan diri mampu mengalahkan Masyumi. Perolehan suara Partai NU sebanyak 6.492.631 suara menempati posisi kedua terbesar di bawah PNI, yakni 7.333.063 suara.

Akhirnya, tahun 1984 melalui Muktamar NU ke-27 di Situbondo, Jawa Timur, NU menyatakan diri kembali ke khittah 1926 dan bukan lagi sebagai partai politik.