KPK pada 3 Mei 2019 telah menetapkan Zulkifli sebagai tersangka dalam dua perkara, yaitu tindak pidana korupsi terkait Dana Alokasi Khusus (DAK) dan penerimaan gratifikasi. Namun, KPK belum menahan yang bersangkutan.

Pada perkara pertama, tersangka Zulkifli diduga memberi uang total sebesar Rp550 juta kepada Yaya Purnomo dan kawan-kawan terkait dengan pengurusan anggaran DAK APBN-P Tahun 2017 dan APBN Tahun 2018 Kota Dumai.

Yaya Purnomo merupakan mantan Kepala Seksi Pengembangan Pendanaan Kawasan Perumahan dan Pemukiman Direktorat Evaluasi Pengelolaan dan Informasi Keuangan Daerah, Direktorat Jenderal Perimbangan Keuangan Kementerian Keuangan.