Namun, Phillips dan beberapa orang lainnya ditangkap di jembatan tersebut. Sekitar waktu itu, dua bajak laut yang tersisa juga naik ke kapal. Seorang tahanan diperintahkan di bawah dek untuk mengambil rekan-rekannya. Tapi dia tidak kembali.

Salah satu bajak laut kemudian menemani kru lainnya untuk mencari mereka. Namun, selama penggeledahan, pembajak disandera oleh awak kapal yang bersembunyi. Setelah merundingkan pertukaran sandera, mereka bersedia melepaskan para tawanan.

Tapi para pembajak menyandera Kapten Phillips. Dengan perahu mereka sendiri yang sebelumnya terbalik, para pembajak memaksa Kpaten Phillpis untuk pindah ke sekoci tertutup dan menuntut uang tebusan sebesar 2 juta dolar AS.

Tim penyelamat kemudian mulai mengikuti mereka dengan perahu di ketinggian 5,5 meter. Memang, sebelumnya seorang awak kapal sempat mengirimkan panggilan darurat. Pada 9 April, USS Bainbridge menuju Maersk Alabama. Maersk Alabama diperintahkan untuk melanjutkan berlayar ke Kenya dan segera pindah setelah diberi rincian keamanan oleh tim pelaut bersenjata.

Pada 10 April, Phillips melompat ke laut. Tapi dia dengan cepat ditangkap kembali. Saat negosiasi dengan para perompak terhenti, Navy SEAL Team 6 diberangkatkan dari Virginia dan tiba di Bainbridge pada 11 April.

Belakangan pada hari itu, perompak mengizinkan kapal AS untuk memasang derek ke sekoci yang kehabisan bahan bakar. Perjalanan kapal perlahan dipersingkat sampai sekoci berada dalam jarak dekat dengan penembak jitu Navy SEAL di atas kapal Fantail Bainbridge.