Kebun binatang ini dipenuhi dengan hewan yang dibawa kembali dari misi luar negeri yang dibiayai oleh keluarga penguasa. Atas perintah Kaisar Romawi Suci, Kebun Binatang Wina dibangun dan dipenuhi dengan koleksi binatang eksotis.

Meskipun sebagian besar peternakan ditutup setelah kematian pendirinya, Kebun Binatang Wina selamat.

Setelah kematian Franz, putranya, Joseph II, menambahkan berbagai hewan, termasuk karnivora yang dihindari ayahnya. 

Dia juga membuka taman untuk pengunjung dan muncul dengan moto "Tempat rekreasi yang didedikasikan untuk semua orang oleh esteemer mereka".

Kebun binatang hampir ditutup pada 1980-an setelah krisis keuangan tetapi penutupan itu dicegah oleh privatisasi pada 1992.

Meskipun Kebun Binatang Wina mengalami serangan bom pada Februari 1945, di mana banyak bangunan dihancurkan dan banyak hewan terbunuh, kebun binatang itu telah dipulihkan.