Ini menyebabkan sungai-sungai menjadi dangkal dan daratan kurang produktif. Sriwijaya perlahan kehilangan akses perdagangannya di Sungai Musi, jalur sungai yang sebelumnya menjadi tambang emas bagi kerajaan.

Kondisi ini diperparah dengan Ekspedisi Pamalayu dari Singasari, Jawa Timur pada 1275.

Ekspedisi ini merupakan siasat Kerajaan Singasari untuk melemahkan kekuasaan politik dan ekonomi Kerajaan Sriwijaya di Selat Malaka dan daerah jajahannya.

Ekspedisi ini juga ditengarai sebagai strategi Kerajaan Singasari untuk meluaskan wilayah kekuasaan ke Sumatera. Belum lagi situasi politik di Asia Barat dan Asia Tengah mengakibatkan lesunya pelayaran di wilayah kekuasaan Kerajaan Sriwijaya.

Bersamaan dengan itu, pada abad ke-13, tumbuh kerajaan baru bercorak Islam di Aceh seperti Samudera Pasai. Pada 1377, riwayat Sriwijaya benar-benar tamat ketika mereka diserang Kerajaan Majapahit.