Urutan berikutnya sebagai kota paling toleran di Indonesia adalah Manado dengan skor IKT 6,200. Urutan ini naik satu peringkat dari tahun 2018. Bukan hanya itu, Manado juga memperoleh penghargaan dari Weekly Government Award menjadi kota paling toleran. 

Pemerintah setempat begitu menjunjung tinggi rasa toleransi dan kerukunan yang sangat tegas. Hal ini bisa dilihat dari RPJMP Kota Manado 2016-2021 yang sudah memuat secara dominan tentang penguatan toleransi dan kerukunan umat bergama dalam visi, misi, tujuan sampai strateginya. 

4. Tomohon

Kota Tomohon merupakan daerah hasil pemekaran Kabupaten Minahasa. Kota yang dijuluki Kota Bunga ini menempati posisi ke-4 sebagai kota toleran dengan skor 6,183. Hal ini membuat Kota Tomohon naik 4 peringkat dari urutan ke-8 pada IKT 2018. 

Pencapaian ini membuktikan Kota Tomohon senantiasa meningkatkan kualitas toleransinya.

5. Kupang