Namun percobaan senjata, beramunisi makhluk-makhluk mikrobiologis, terhadap manusia oleh Unit 731 disebut menjadi yang terparah.

Demi menjaga kerahasiaan penelitian yang dilakukan unit itu, pemerintah Jepang melakukan penyamaran. Unit 731 adalah melakukan eksperimen medis terhadap manusia.

Sejumlah praktik medis terlarang seperti pemberian virus dan bakteri serta obat-obatan diujicobakan kepada korban-korbannya.

Para peneliti di sini juga dijaga dengan sangat ketat. Mereka tidak berhubungan langsung dengan pertempuran secara fisik.

Pria, wanita, dan anak-anak dari berbagai daerah di bawa untuk kemudian digunakan sebagai bahan eksperimen, bahkan bayi-bayi yang lahir di dalam tahanan Unit 731 tampaknya juga tidak selamat.

Kisah yang paling terkenal dari kekejaman unit ini adalah para dokternya yang melakukan pembedahan kepada para korban dalam kondisi sadar dan tanpa obat pereda nyeri.