Anehnya lagi, Gus Dur malah lebih banyak mengunjungi pura dan ashram. Sangat jarang ia berkunjung ke masjid ataupun tokoh muslim Bali.

Ternyata Gus Dur sadar bahwa Islam adalah minoritas di Bali. Karena itulah ia sengaja membangun hubungan baik dengan umat Hindu agar bisa 'menitipkan' umat Islam yang hidup di Bali.