PSI ingin syarat rekomendasi tertulis FKUB tersebut dihapus karena dalam praktiknya FKUB kerap menolak memberikan rekomendasi. 

Bahkan, dalam beberapa kasus FKUB justru memberikan rekomendasi untuk menutup sebuah rumah ibadah. Bagi PSI, keberadaan FKUB telah menghalangi hak konstitusional warga negara untuk beribadah. 

"FKUB ini kami melihat sudah tidak sesuai dengan konteksnya dan harusnya sebuah forum tidak punya kewenangan yang begitu besar untuk memberikan rekomendasi. Ketika tidak keluar rekomendasi, akhirnya ini jadi alasan oleh kepala daerah untuk tidak memberikan izin," kata Wakil Ketua Dewan Pembina PSI Grace Natalie, awal Maret lalu. 

Gugatan PSI ini sempat ditanggapi oleh Anggota Komisi II DPR RI, Guspardi Gaus. Komisi II DPR merupakan mitra kerja Kemendagri. 

Menurut Guspardi, rekomendasi FKUB diperlukan untuk mencegah terjadinya konflik horizontal. Beleid tersebut bukan bertujuan untuk menghambat atau melarang pendirian rumah ibadah. 

Guspardi mempertanyakan motif PSI menggugat SKB tersebut. Apalagi, gugatan dilayangkan jelang Pemilu 2024 dan menggunakan nama partai, bukan perseorangan.