Pihak berwenang Mesir melakukan tindakan keras terhadap Jihad Islam setelah upaya pembunuhan terhadap Presiden Hosni Mubarak pada Juni 1995 di Addis Ababa, Ethiopia.

Al-Zawahiri yang beruban dan bersorban putih menanggapi dengan memerintahkan serangan tahun 1995 terhadap kedutaan Mesir di Islamabad, Pakistan. Dua mobil berisi bahan peledak menabrak gerbang kompleks, menewaskan 16 orang.

Dia juga dikaitkan dengan serangan terhadap turis asing di kota Luxor, Mesir, pada tahun 1997 yang menewaskan 62 orang.

Pada tahun 1999, pengadilan militer Mesir menjatuhkan hukuman mati kepada al-Zawahiri secara in absentia.

Saat itu, dia sudah membantu bin Laden untuk membentuk al-Qaeda dan selama bertahun-tahun diyakini bersembunyi di sepanjang perbatasan antara Pakistan dan Afghanistan.