Barulah pada pada 12 Desember 1963, Soumokil ditangkap dan dihadapkan pada Mahkamah Militer Luar Biasa di Jakarta untuk dijatuhi hukuman mati. Penangkapan ini sekaligus menghentikan perjuangan RMS.

Sebelum hal ini terjadi, propaganda terhadap NKRI untuk memisahkan wilayah Maluku dilakukan oleh Gubernur Sembilan Serangkai yang beranggotakan pasukan KNIL (Koninklijke Nederlands(ch)-Indische Leger).

Aksi dilakukan untuk mempertahankan NIT sebagai negara federasi.