Akhirnya, pada 27 April 1950 Dr.J.P. Nikijuluw ditunjuk sebagai Wakil Presiden RMS untuk daerah luar negeri dan berkedudukan di Den Haag, Belanda.

Sementara posisi presiden tentu sama-sama bisa ditebak, yakni jatuh pada Soumokil.

Pada tangga 9 Mei mulailah dibentuk Angkatan Perang RMS (APRMS) dengan Sersan Mayor KNIL, D.J Samson sebagai panglima tertinggi.

Mengetahui aksi pemberontakan ini pemerintah mengutus Dr. J. Leimena untuk menyampaikan permintaan berdamai kepada RMS agar tetap bergabung dengan NKRI.

Hal tersebut ditolak sehingga membuat NKRI terpaksa mengerahkan kekuatan militer.

Pertempuran antar kedua belah pihak ini kemudian pecah. Pasukan APRIS (Angkatan Perang Republik Indonesia Serikat) mampu menekan pasukan RMS dengan menduduki Ambon pada November 1950.