Ketika menjabat Rektor UIN Sunan Kalijaga, Yogyakarta, Yudian pernah membuat kebijakan melarang penggunaan cadar bagi mahasiswinya di kampus di medio 2018 lalu.

Pada Februari 2020 lalu, Yudian Wahyudi pernah menyampaikan pernyataan yang membenturkan agama dengan Pancasila tak lama setelah dilantik sebagai Kepala BPIP. Ia mengatakan ada kelompok yang mereduksi agama sesuai kepentingannya sendiri yang tidak selaras dengan nilai-nilai Pancasila.

"Si Minoritas ini ingin melawan Pancasila dan mengklaim dirinya sebagai mayoritas. Ini yang berbahaya. Jadi kalau kita jujur, musuh terbesar Pancasila itu ya agama, bukan kesukuan," kata Yudian.

BPIP di bawah kepemimpinan Yudian sempat mengadakan lomba penulisan artikel dengan mengangkat dua tema yakni 'Hormat Bendera Menurut Hukum Islam' dan 'Menyanyikan Lagu Kebangsaan Menurut Hukum Islam' di Bulan Agustus 2021 lalu.

BPIP menggelar lomba ini dalam rangka memperingati Hari Santri Nasional 2021. Staf Khusus Ketua Dewan Pengarah BPIP, Antonius Benny Susetyo mengatakan pilihan tema tersebut menyesuaikan dengan konteks Hari Santri. BPIP melihat pentingnya nilai-nilai keagamaan dalam menyikapi cinta tanah air.

Yudian juga sempat berencana menggunakan sejumlah platform media sosial (medsos) untuk menyosialisasikan Pancasila ke generasi muda. Platform media sosial yang akan digunakan mulai dari Youtube, Blog, hingga Tiktok di medio awal 2020 lalu.