Penyelidikan sedang dilakukan oleh kementerian pendidikan, budaya, olahraga, ilmu pengetahuan dan teknologi Jepang.

Menteri Pendidikan Keiko Nagaoka mengatakan dia akan memulai penyelidikan "segera".

Gereja Unifikasi, yang memiliki sekitar 100.000 pengikut aktif di Jepang, telah membantah melakukan kesalahan. Para juru kampanye mengajukan pengaduan di Komite Hak Asasi Manusia PBB pada bulan September, mengklaim bahwa gereja telah menjadi korban “kampanye intoleransi, diskriminasi dan penganiayaan” di Jepang.

Pengaduan itu mengatakan media dan pengacara Jepang telah "memutar" tragedi pembunuhan Abe "menjadi narasi aneh yang membuat tersangka pembunuh menjadi korban Gereja Unifikasi dan menyalahkan gereja atas pembunuhan itu".

Ia menambahkan bahwa anggota gereja sejak itu menderita serangan, penyerangan dan ancaman pembunuhan.

Dengan penyelidikan hari Senin, kantor berita Jepang Kyodo mengatakan Gereja Unifikasi menghadapi kehilangan statusnya sebagai perusahaan keagamaan, merampas keuntungan pajak meskipun masih akan diizinkan untuk beroperasi di negara itu.