Setelah duduk, mantan Ketua KPK yang bukan berlatar belakang pendidikan formal hukum ini baru mengetahui maksud dari pernyataan Presiden Jokowi.

"Setelah saya duduk, ternyata baru tahu yang suruh dihentikan itu (maksudnya) kasus Pak Setnov (Setya Novanto), Ketua DPR waktu itu memiliki kasus e-KTP, supaya tidak diteruskan," papar Agus.

Agus menjelaskan, KPK era kepemimpinannya bersifat independen, dan bukan di bawah langsung Presiden RI. Atas dasar itu, Agus memutuskan untuk tetap meneruskan kasus e-KTP yang ditaksir merugikan keuangan negara hingga Rp2,3 triliun.

Terlebih, KPK telah mengeluarkan surat perintah penyidikan (Sprindik) kasus e-KTP tiga minggu sebelum pertemuan dengan Presiden Jokowi. Selain itu, KPK juga tidak memiliki kewenangan untuk mengeluarkan Surat Perintah Penghentian Penyidikan (SP3).

Karena tugas KPK seperti itu (independen), tidak saya perhatikan (arahan Presiden), saya jalan terus," jelasnya.

Namun seiring berjalannya waktu, Agus Rahardjo menilai independensi KPK mulai digoyang. Salah satunya dengan Revisi UU KPK.