KPK sebelumnya telah mengumumkan penetapan Zulkifli sebagai tersangka dalam 2 kasus perkara yang berbeda sejak 3 Mei 2019.

Pertama terkait dugaan tindak pidana korupsi  dengan DAK (Dana Alokasi Khusus). Sedangkan yang kedua terkait kasus perkara dugaan penerimaan gratifikasi. 

Zulkifli diduga memberi uang sebesar Rp550 juta kepada Yaya Purnomo dan kawan-kawan terkait dengan pengurusan anggaran DAK APBN-P Tahun 2017 dan APBN (Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara) Tahun Anggaran (TA) 2018 untuk Pemerintah Kota Dumai.

Yaya Purnomo sebelumnya diketahui merupakan mantan Kepala Seksi (Kasi) Pengembangan Pendanaan Kawasan Perumahan dan Pemukiman Direktorat Evaluasi Pengelolaan dan Informasi Keuangan Daerah, Direktorat Jenderal Perimbangan Keuangan Kementerian Keuangan (Kemenkeu) Republik Indonesia. 

Zulkifli juga diduga telah menerima gratifikasi berupa uang uang tunai  Rp50 juta dan sejumlah fasilitas kamar hotel selama berada di Jakarta. KPK menduga, pemerimaan gratifikasi itu berhubungan dengan jabatan tersangka dan berlawanan dengan kewajiban atau tugasnya sebagai penyelenggara negara. 

Selanjutnya, Zulkifli diduga tidak segera melaporkan pemerimaan itu kepada KPK paling lambat 30 hari kerja atau 1 bulan setelah penerimaan gratifikasi. Dia disangkakan telah melanggar Pasal 5 Ayat (1) Huruf a atau Huruf b atau Pasal 13 Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2001 tentang Perubahan atas Undang-Undang Nomor 31 Tahun 1999 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi juncto Pasal 55 Ayat (1) ke-1 KUHP (Kitab Undang-Undang Hukum Pidana).